民國三十八年十二月二十四日（西元1949）台南市名紳王開運先生，集結當時具有貿易經驗之專業群，貢獻智慧，集思廣益，謀求整體最大利益，為永續經營奠定根基，創立台南市進出口商業同業公會。在公會超過一甲子（70年）的歷史中，歷經多次維新，透過歷屆理事長的努力下，清晰地反映出台灣近代商業歷史發展演變的軌跡，也讓外界對本會內在結構更宏觀地瞭解。
公會成立時，光復初期，百廢待興。第一屆王理事長開運，（民國38年12月至40年7月）常務理事蕭天旺、陳宗坤，理事王朝榮、翁金護等捨私利，任重道遠，在艱困中經營，當時會員約有170家，會館亦暫向台南市商業會租用。
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Daniel X. Horrar
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第2、3屆翁金護理事長（民國40年7月至44年2月），第4屆黃業理事長（民國四十四年二月至四十六年二月），理監事們及全體會員精誠合作，發揮團隊精神，會務逐漸發展。當時我國與日本正式簽訂貿易協定，臺灣對外貿易亦漸活絡，會員家數達214家。公會因有所堅持才能夠成長、茁壯。
第4屆黃業理事長（民國44年2月至46年2月），理監事們及全體會員精誠合作，發揮團隊精神，會務逐漸發展。當時我國與日本正式簽訂貿易協定，臺灣對外貿易亦漸活絡，會員家數達214家。公會因有所堅持才能夠成長、茁壯。
第5、6屆理事長翁金護（民國46年2月至50年2月）以一貫關心公會的經營理念，創造良好工作環境，向會員借款台幣1,000元分三年攤平會費，以集資籌建會所。可見當時財務之捉襟見肘。終於在會員們及理監事熱烈支持下，本會新會館於民國49年7月建立。（公園路80號）。
本會經十餘年來歷屆理事長之卓然領導下，歷年來所結匯附繳之勞軍捐款之利息為數匪細，已漸有資金。
第7、8屆理事長王趁（民國50年3月至54年10月）更於第7屆第8次理監事會議中決議，興建台南國軍英雄館以響應愛國勞軍號召。其間軍人之友社陳炳寰總幹事襄贊尤力同意，將民國50、51年勞軍專款撥出鉅款，捐建國軍英雄館，雅蒙省聯合會理事長林溪圳熱烈支持，台南縣長胡龍寶特准撥地租用，台南市長辛文炳多方輔助，先發建築許可證。在全體理監事齊監督下，台南國軍英雄館於民國五十二年九月三日落成，為本會回饋地方及慰勞本市駐軍官兵，略盡棉薄悉力。同期亦於台南國軍英雄館旁加蓋約100坪之公會會館，即現杜康樓地址。
第9、10屆羅伯淋理事長（民國54年10月至59年2月）配合政府政策，爭取資源、輔導會員、改善企業經營體質，提升競爭力。
第11屆理事長葉永富（民國59年2月至61年2月）於民國59年期間，為更擴大嘉惠嘉南工商界拓展國際貿易，服務進出口廠商，籌備貿易資料館。經多方奔走，終於在63年9月與外貿協會合辦設立貿易資料館，加強服務熱忱，推動職業訓練。
第12、13屆鄭添池理事長（民國61年2月至66年4月）以社團國際化策略，經營團隊，全心投入，開源節流，累積資金，塑造本會穩定優良風範。
第14、15屆理事長陳木（民國66年4月至72年7月）秉持永續經營，跨足各項領域及資源歸大眾所有，利益歸大眾所享之大綱，經民國七十二年第十五屆第二次會員代表大會通過，購置成功路50號5樓280多坪為本會新會館，即現本會辦公室及會議室，40多年來建造一大聚會所之願望終於實現。
第16、17屆理事長王世宗（民國72年7月至78年7月）就任時，為改善對日貿易逆差，更積極拓展貿易活動。於日本山形、仙台等地舉辦台灣物產展，又發動會員大會向政府爭取通過廢止勞軍捐，減輕進口商負擔，以恢宏的國際觀，落實造福工商業界。
第18、19屆郭耀堂理事長（民國78年7月至84年7月）乃正式於民國82年3月8日與日本山形商工會議所締結姊妹會，立足台灣，胸懷天下。並於公會歡慶40週年紀念時購置五期重劃區土地一筆（153.7坪）提高公會財產保值。
第20屆鄭永隆理事長（84年7月至86年3月）及第20屆林子雄理事長（86年4月至87年6月）秉持著周雖舊邦，其命維新之使命感，承傳歷任理事長為公會擘畫之美好遠景而繼續努力。
第21屆理事長陳榮東（87年6月至90年6月）承先啟後，以社團國際化積極與國際商業團體合作，協助會員藉由公會力量與國際商業團體促成商機，舉辦多項大型國際性展覽，將公會推向國際性舞台。
第22屆理事長劉洋一（90年6月至93年6月）致力建立一個開放、多元的福利公會，秉持公會傳統寶貴資源，達成公會與會員雙向溝通，讓公會會務推動效率化，為會員服務周全化、凝聚民心、共創未來，並於任內透過色真顏料公司邱聰明董事長之牽線，與日本姬路商工會議所交往籌備締結姊妹會。
第23屆理事長徐國潤（93年6月至96年6月）加強與日本姬路商工會議所經貿交流，正式於民國96年3月7日在台南市大億麗緻大飯店與日本姬路商工會議所簽訂姊妹會締盟簽約書，又於民國96年7月6日與新竹縣進出口商業同業公會締結姊妹會。
第24屆理事長柯武憲（96年7月至99年6月）97年為本會60週年，承傳歷任理事長為公會所策畫之美好遠景而繼續努力，籌備慶祝60週年、舉辦會員國外拓展經貿市場、會員國內休閒活動、邀請專家學者舉行演講會及研討會，繼續為會員爭取多元的福利，為會員服務周全化。
第25屆理事長卓永崇（99年6月至102年6月）任內除舉辦經貿講座、與海外經貿相關單位商情交流，以增加會員經貿新知與貿易機會，並發揮大愛精神，於2011年日本「311地震」時，本會率先捐款日幣100萬圓，以號召會員響應捐款，協助災民渡過難關，發揮公會之社會責任。
第26屆理事長吳明宗（102 年 6 月 至 105 年 6 月）任內為鞏固台日經貿交流友好關係，特於2013年再次與山形商工會議所簽訂締結姐妹會20週年備忘錄；更於2016年2月6日台南地震時發揮影響力，共籌措501萬善款捐入受災專戶，為受災鄉親略盡綿薄之力
第 27 屆理事長蔡文彬（105年6月至108年6月）任內雖遭遇全球經濟的嚴峻挑戰，仍善用公會資源，協助會員參加國際展、行銷海外，並為台南市與山形市政府穿針引線，於2108年12月雙方締結友好協定，協助行銷台灣，增加國際能見度。
